Dedicado aos estudos que desenvolvem e programam sistemas de materiais, informações, equipamentos e energia, os cursos de pós-graduação em Engenharia de Produção estão presentes em 43 instituições de ensino superior espalhadas por todo o Brasil. Embora nenhum curso tenha recebido nota máxima da Capes, os programas de Planejamento Energético e Engenharia de Produção da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) foram bem avaliados pela coordenação.

As universidades e institutos brasileiros oferecem 11 cursos de mestrado profissional, 33 mestrados acadêmicos e 17 cursos de doutorado em engenharia de produção e áreas afins. As principais áreas de concentração são em Engenharia de Produção, Produto e Trabalho, Produção e Logística, Gerência da Produção, Pesquisa Operacional, Gestão de Operações, Planejamento Ambiental, Planejamento Energético entre outras.  

Visando formar o aluno nos conhecimento especializado das áreas de matemática, física e ciências sociais e possibilitando a análise de projeto de engenharia, a pós-graduação fornece aos estudantes conhecimento para prever e avaliar os resultados obtidos na produção de sistemas de engenharia de produção. As principais linhas de pesquisa dos cursos são em Planejamento e Organização de Sistemas Produtivos, Engenharia da Qualidade, Finanças Corporativas, Mercado de Capitais, Sistemas Logísticos e outras.