Na área da Engenharia Sanitária da pós-graduação encontram-se os programas de Engenharia Ambiental, Engenharia Hidráulica e de Saneamento e Engenharia relacionada ao Desenvolvimento Sustentável. Segundo a Capes, o melhor programa de pós-graduação em Engenharia Hidráulica e Saneamento é o da Universidade de São Paulo (USP), que recebe nota máxima. No caso desta pós-graduação, as linhas de pesquisa são Controle da Poluição Atmosférica, Fenômenos de Transporte em Processos Ambientais, Hidráulica, Hidrologia, Recursos Hídricos, Resíduos Sólidos Saneamento Ambiental, Tratamento de Águas de Abastecimento, Tratamento de Águas Residuárias.
Entre os cursos de doutorado e mestrado em Engenharia Ambiental, as linhas de pesquisa mais comuns são: Aplicações das Ciências Ambientais; Climatologia Aplicada; Ecologia industrial; Ecotoxicologia; Instrumentos de Política Ambiental; Limnologia; Manejo e Recuperação de Ecossistemas e Áreas Degradadas; Planejamento e Gerenciamento de Recursos Hídricos; Química Ambiental; Sociologia dos Desastres. Também existem no Brasil alguns cursos de especialização voltados para a Engenharia Ambiental e Sanitária, como o oferecido periodicamente pela Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG).
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